Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Purworejo merupakan sekolah lanjutan pertama berbasis Agama Islam di bawah Kementerian Agama Kabupaten Purworejo yang semula bernama Madrasah Tsanawiyah Negeri Bener. Sebelum menjadi MTs Negeri 2 Purworejo, lembaga ini berdiri melalui proses panjang. Bermula dari dari PGA Ma’arif yang didirikan pada tahun 1968 dengan Kepala Sekolah pada saat itu adalah Drs. Miswadi, namun melihat perkembangan yang kurang memungkinkan karena saat itu minat anak untuk sekolah ditingkat lanjutan kurang, maka pada tahun 1978 PGA Ma’arif dirubah menjadi Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama yang diberi nama SLTP Sultan Agung dengan kepala sekolah Drs. Ngawawi.
Atas kerja sama antara warga sekolah dengan GUPPI pada tahun 1984 di Kecamatan Bener mendapat bantuan sebuah gedung sekolah yang tujuannya untuk kegiatan belajar mengajar, maka berdasarkan Surat Keputusan dari Kanwil Depag Provinsi Jawa Tengan melalui Departemen Agama Kabupaten Purworejo nomor WK/5c/3010/Ts.Fil/1983, SLTP Sultan Agung berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Bener Fillial Purworejo dengan kepala madrasahnya adalah Samatun,BA yang kemudian diteruskan oleh Drs.Ngawawi sebagai Kepala Madrasah Tsanawiyah Purworejo Fillial Bener dari tahun 1987 sampai tahun 1991. Mulai tahun 1991 sampai dengan tahun 1995 kepemimpinan Madrasah Tsanawiyah Negeri Purworejo Fillial Bener dipimpin oleh Suryaniyah. Selanjutnya pada tahun 1995 dilanjutkan oleh Cholilurrochman, S.Ag sampai dengan tahun 2003.
Saat kepemimpinan Madrasah Tsanawiyah Negeri Purworejo Fillial Bener di bawah Cholilurrochman, S.Ag, berdasarkan Surat Menteri Agama nomor 107 Tahun 1997 tanggal 17 Maret 1997 tentang Penegerian, maka mulai saat itu Madrasah Tsanawiyah Negeri Purworejo Fillial Bener diganti menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Bener.
Kepemimpinan Madrasah Tsanawiyah Negeri Bener terus berlanjut dari Kepala Madrasah pertama Cholilurrochman, S.Ag (1997 s.d 2003) Kepala Madrasah kedua Drs. Sudarno (2003 s.d 2009), ketiga Drs. H. Khoironi Hadi, M.Ed (2010 s.d 2011), H. Chamidun, S.Ag, M.SI (2011 s.d 2013) sebagai kepala madrasah keempat, dan yang atau yang terakhir sebagai kelima kepala madrasah dengan nama Madrasah Tsanawiyah Negeri Bener adalah Drs. Imam Pratomo, M.Pd (2013 s.d 2018).
Menjelang berakhirnya masa kepemimpinan Drs. Imam Pratomo, M.Pd tepatnya pada tahun 2017, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 810 Tahun 2017 tanggal 3 Oktober 2017 Madrasah Tsanawiyah Negeri Bener berubah nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Purworejo. Setelah kepala madrasah Drs. Imam Pratomo, M.Pd berakhir di awal tahun 2018, mulai bulan Januari 2018 sampai dengan awal tahun 2022 estafet kepemimpinan Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Purworejo diteruskan oleh Moh. Nazarudin, S.Ag, dan mulai Maret 2022 kepemimpinan diteruskan oleh Bapak Muhammad Zainal Muhtadin, S.Ag sampai dengan sekarang.
Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Purworejo ini merupakan satu-satunya madrasah negeri di Kecamatan Bener yang terletak di jalan raya Magelang Purworejo KM.12 Desa Kaliboto, RT.001 RW.003, Kecamatan Bener, Kabupaten Purworejo, dengan kode pos 54183 dan nomor telepon (0275) 324630. Secara geografis batas-batas madrasah ini, sebelah utara dengan berbatasan dengan desa Bener, timur dengan desa Kaliurip, selatan dengan desa Kedungpucang dan barat dengan desa Karangsari.
